Para el desarrollo de sus funciones EUROPARC-España cuenta con una Asamblea de miembros, un Consejo de Administración y una Oficina Técnica. Se rige por los estatutos aprobados en 1993, modificados en noviembre de 2000 y actualizados nuevamente en 2005.
La Asamblea de miembros es el foro donde se acuerda el programa de actividades y el presupuesto anual. En la asamblea están representadas las administraciones públicas responsables de la planificación y gestión de los espacios naturales protegidos del Estado español.
Desde la Asamblea celebrada el 11 de diciembre de 2007 el Consejo de administración está formado por:
- Presidente: Jorge Bonnet Fernández-Trujillo
- Vicepresidente: Rosario Pintos Martín
- Secretario-Tesorero: Carmen Olmos Soto
- Vocales: Juan Garay Zabala, Ignaci Rodríguez Galindo, Juan del Nido Martín y Xosé Benito Reza
Para la ejecución de sus actividades existe una Oficina Técnica. La Fundación Fernando González Bernáldez, de cuyo patronato forman parte los rectores de la Universidad Autónoma de Madrid, Complutense de Madrid y Alcalá, avala científicamente y aporta su personalidad jurídica a EUROPARC-España. El ámbito territorial en el que la Fundación desarrolla sus actividades se extiende por todo el Estado español.
